Hygieniatoimenpiteet ovat perusedellytys bakteerien vähentämiselle eläinten kasvatuksessa. Probiottisia maitohappobakteereja sisältävien kuivadesinfiointijauheiden käyttö on järkevä lisä rutiininomaisiin puhdistus- ja desinfiointitoimenpiteisiin. Jauheet imevät kosteutta luoden kuivat ja hyvin pitävät pinnat, jotka ehkäisevät liukastumisia. Kuivadesinfiointiaineet vähentävät myös ammoniakin muodostumista, mikä parantaa ilmanlaatua eläinsuojissa.
Siankasvatuksessa nestemäiset ruokintajärjestelmät ovat yleisiä. Hygienia on tässä yhteydessä erityisen tärkeää, muuten hiiva ja sienet voivat lisääntyä nopeasti nestemäisessä rehussa. Myös juomaveden tulee olla aina hygieenisesti moitteetonta ja juomakelpoista. Biofilmin muodostumista on ehdottomasti estettävä, koska se on ihanteellinen kasvualusta patogeenisille bakteereille.
Kärpäset ovat myös suuri ongelma navetoissa. Ne aiheuttavat usein levottomuutta, häiritsevät eläinten hyvinvointia ja johtavat lopulta suorituskyvyn heikkenemiseen. Navettakärpäset ovat todistetusti vastuussa tarttuvien tautien leviämisestä. Kokonaisvaltainen kärpästen torjunta on mahdollista vain, jos torjut samanaikaisesti sekä kärpäsen toukkia että aikuisia kärpäsiä. Jyrsijät ovat tautien kantajia. Niiden torjunta on lakisääteinen velvollisuus. Vain jatkuva valvonta vähentää jyrsijöiden esiintymistä pysyvästi.
Hygieenisesti moitteettoman viljan ruokinta on perusedellytys eläinten korkealle suorituskyvylle. Viljassa on luonnostaan paljon bakteereita. Bakteerit, hiivat ja homeet vaarantavat viljan laadun. Korkeassa vesipitoisuudessa ja luonnollisessa bakteeripitoisuudessa nämä mikro-organismit voivat lisääntyä suhteettoman nopeasti. Niiden aineenvaihdunta puolestaan nostaa varastoidun viljan kosteuspitoisuutta ja lämpötilaa. Viljan mikrobiologinen pilaantuminen kiihtyy.